貯藏用的番茄采收前2天不灌水，防止果實吸水膨脹和果皮產生裂痕。應在早晨或傍晚無露水時采摘，輕拿輕放。采收后，應放在陰涼通風處散熱，或放在冷庫內預冷到13℃，然后挑選分級入庫貯藏。
1.塑料帳氣調貯藏法。將裝好的番茄堆在窖中或通風庫中，用塑料薄膜將堆好的垛套上、封住口成為塑料帳。每隔2～3天，將塑料帳揭開，擦干帳壁上的小水滴，15分鐘后重新套上，封住口。每隔10～15天翻垛檢查1次，挑出病果。用此法可貯藏1個多月。
2.薄膜袋貯藏法。將青番茄輕輕裝入食品袋中，一般每袋裝5千克，裝后隨即扎緊袋口，放在陰涼處。貯藏初期，每隔2～3天，在清晨或傍晚，將袋口打開15分鐘，將袋壁上的小水珠擦干，然后再扎好密封。貯藏1～2星期后，番茄逐漸轉紅。如需繼續(xù)貯藏，則應減少袋內番茄的數量，只平放1～2層，以免相互壓傷。番茄紅熟后，將袋口散開。
3.吸附劑貯藏法。將30份佛石、20份活性炭、30份硫酸亞鐵、30份氫氧化鈣和1份水混合配成復合保鮮劑。將此混合物稱10克裝入一內襯有多孔聚乙烯薄膜的小紙袋內，并用0.5克水將紙潤濕，然后與番茄一起封裝在一個大聚乙烯袋中。在一定溫度下貯藏60天，番茄顏色不變。