中國(guó)食品安全體系中的政府主管部門有農(nóng)業(yè)部、衛(wèi)生部和國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫主管部門，它們分別管理著涉及食品安全的各個(gè)領(lǐng)域。


農(nóng)業(yè)部負(fù)責(zé)組織實(shí)施農(nóng)業(yè)各產(chǎn)業(yè)產(chǎn)品及綠色食品的質(zhì)量監(jiān)督、認(rèn)證和農(nóng)業(yè)植物新品種的保護(hù)工作；組織協(xié)調(diào)種子、農(nóng)藥、獸藥等農(nóng)業(yè)投入品質(zhì)量的監(jiān)測(cè)、鑒定和執(zhí)法監(jiān)督管理；組織國(guó)內(nèi)生產(chǎn)及進(jìn)口種子、農(nóng)藥、獸藥、有關(guān)肥料等產(chǎn)品的登記和農(nóng)機(jī)安全監(jiān)理工作、組織獸醫(yī)醫(yī)政、獸藥藥政藥檢工作；組織、監(jiān)督對(duì)國(guó)內(nèi)動(dòng)植物的防疫、檢疫工作，發(fā)布疫情并組織撲滅。



衛(wèi)生部負(fù)責(zé)全國(guó)食品、化妝品、生活飲用水衛(wèi)生監(jiān)督管理。組織制訂食品、化妝品、消毒產(chǎn)品、保健品等與健康相關(guān)產(chǎn)品的國(guó)家質(zhì)量管理規(guī)范并負(fù)責(zé)產(chǎn)品審批認(rèn)證。依法組織實(shí)施食品、化妝品、勞保、放射防護(hù)產(chǎn)品、飲用水以及消毒產(chǎn)品等與健康相關(guān)產(chǎn)品（民藥品外）的國(guó)家監(jiān)督抽檢工作。



國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫主管部門則負(fù)責(zé)對(duì)進(jìn)出口食品的檢驗(yàn)監(jiān)督、組織實(shí)施對(duì)進(jìn)出口食品及其生產(chǎn)單位的衛(wèi)生注冊(cè)、登記及對(duì)外注冊(cè)管理。