國家“863計(jì)劃”現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)領(lǐng)域在主要動植物功能基因組研究方面，利用“十五”建立的水稻功能基因組的技術(shù)平臺，系統(tǒng)開展水稻產(chǎn)量、品質(zhì)、抗病抗逆、營養(yǎng)高效性狀的功能基因組研究，克隆驗(yàn)證新基因和調(diào)控因子，應(yīng)用芯片技術(shù)建立水稻重要農(nóng)藝性狀的全基因組表達(dá)譜，并開展比較基因組學(xué)研究和第3、4染色體功能基因的系統(tǒng)鑒定。
利用水稻、擬南芥等模式植物功能基因組的技術(shù)平臺，開展小麥、玉米、棉花、油菜、大豆、花生、番茄等作物的功能基因組研究，克隆驗(yàn)證重要農(nóng)藝性狀基因；建立家蠶和家雞的功能基因組研究技術(shù)平臺，分離克隆與家蠶絲蛋白質(zhì)合成、性別決定、發(fā)育變態(tài)、分子免疫和對微生物抵抗性、雞的生長、品質(zhì)、抗性、繁殖等重要經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的重要功能基因和調(diào)控因子。
