日前，《植物生物技術(shù)雜志》在線發(fā)表了世界首個野生梨高質(zhì)量基因組圖譜。該研究成果由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院果樹研究所研究員曹玉芬團隊和中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所研究員田志喜團隊等合作完成。
科研人員以山西杜梨為材料，結(jié)合PacBio三代測序、Bionano光學(xué)圖譜、Hi-C技術(shù)，組裝了高質(zhì)量的杜梨參考基因組序列，是我國在梨基因組學(xué)研究領(lǐng)域又一重大研究進(jìn)展。
據(jù)介紹，杜梨基因組組裝大小為532.7Mb，contig N50為1.57Mb，共有59552個蛋白質(zhì)編碼基因和247.4Mb重復(fù)序列被注釋，通過BUSCO對基因組完整性進(jìn)行評估，完整性達(dá)到95.9%。杜梨基因組中總共鑒定出573個NBS類型抗病基因，其中150個是TNL型抗病基因，在已發(fā)表的薔薇科基因組中數(shù)量最多，解釋了杜梨作為野生種的強抗病性。
在馴化過程中，梨屬植物果實的酸澀味逐漸消失，研究發(fā)現(xiàn)，杜梨原花青素合成結(jié)構(gòu)基因拷貝數(shù)顯著多于白梨，影響了原花青素的積累。同時花青素還原酶代謝途徑是原花青素合成的唯一途徑，山梨醇轉(zhuǎn)運蛋白跨膜轉(zhuǎn)運可能是影響可溶性有機物質(zhì)積累的主要因素。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1111/pbi.13226
